Los ecosistemas acuáticos, en particular los lagos y humedales, albergan una gran parte de la biodiversidad española.
- Humedales y lagos
Los humedales son tierras de transición entre los ambientes terrestres y los acuáticos. En ellos, el sustrato permanece saturado de agua o cubierto de aguas poco profundas, al menos en alguna época del año. Los lagos, por el contrario, mantienen aguas más profundas y permanentes.
La vegetación de los humedales es la características de zonas encharcadas, es decir, juncos (Juncus spp.), carrizos (Phragmites australis) o eneas (Typha spp.). Cuando a la elevada humedad se añade una concentración salina alta, aparecen plantas halófilas como las salicornias (Salicornia spp.), acompañadas, en ocasiones, por el taray o taraje (Tamarix spp.) que puede alcanzar porte arbóreo.
La abundante vegetación acuática proporciona comida y cobijo a gran variedad de aves acuáticas, limícolas y zancudas. Se pueden llegar a contabilizar al menos 70 especies diferentes de aves, de las que una docena habitan permanentemente en España, como la Garcilla bueyera (Bubulcus ibis), la focha común (Fulica atra) o el ánade real (Anas platirrynchos).
Algunas de las aves que ocupan los humedales españoles están en peligro de extinción como consecuencia del deterioro sufrido en su hábitat.
- El medio marino
La mayor parte de los grandes grupos de invertebrados marinos del planeta están representados en los mares españoles. La zona donde se ha detectado mayor diversidad de especies es la del estrecho de Gibraltar y el mar de Alborán. En esta área se encuentran tanto especies típicamente mediterráneas como atlánticas, así como muchos componentes de la fauna norteafricana y algunos endemismos.
Entre los vegetales destaca una planta endémica del Mediterráneo, la Posidonia oceánica. Forma extensas praderas llamadas "algueros" (aunque no es un alga) con un alto valor ecológico como base de la cadena alimentaria del litoral. En la actualidad se encuentra gravemente amenazada como consecuencia de la contaminación y la práctica ilegal de la pesca de arrastre. Estas y otras causas han acabado por hacer desaparecer algunos de los animales más representativos de nuestro medio marino, como la foca monje (Monachus monachus), o algunas tortugas típicamente mediterráneas como la tortuga mora (Testudo graeca) o la tortuga mediterránea (Testudo hermanni).